À propos
Dr. Marie Vallier, PhD
Ingénieure en pharmacologie et biotechnologie, docteure en écologie et génétique microbienne, je mets mon expertise en analyse de microbiote au service des entreprises et laboratoires nécessitant un support pour leurs études précliniques et cliniques.
Formation
2017 Docteure en biologie
Université Christian Albrecht, Kiel, Allemagne2012 Ingénieure en Pharmacologie et Biotechnologies
Polytech’Nice-Sophia, Sophia-Antipolis, France
2009 Classe Préparatoire aux Grandes Ecoles - BCPST
Lycée Pierre Corneille, Rouen, France
Expérience
2024 - Présent Prestataire de services | Microbiome horizons, Paris (FR)
Avec Microbiome Horizons, je vise à offrir un accompagnement scientifique et bio-informatique de haute qualité dans le domaine du microbiote et de la recherche. Ma mission est de soutenir la recherche et la formation en bio-informatique et microbiologie pour un public varié, national et international.
2021 - 2024 Chargée de Recherche | Valbiotis, Riom (FR)
Étude du microbiote intestinal en relation avec des compléments alimentaires à base de plantes pour la prévention des maladies métaboliques.
2018-2023 Bio-informaticienne | Collaborations (FR)
Analyse de données 16S pour le Pr. Corine Miceli (APHP Paris) et Pr. Laurent Peyrin-Biroulet (CHRU Nancy)
2017-2021 Chercheuse Postdoctorale | Institut Pasteur de Lille (FR) & Institut Max Planck pour la biologie de l’évolution, Plön (DE)
Etude du microbiote intestinal en relation avec la toxicité de traitements anticancéreux & Evolution in vivo dans un contexte de maladies chroniques de l’intestin.
2012-2017 Chercheuse Doctorante| Institut Max Planck pour la biologie de l’évolution, Plön (DE)
Etude de l’évolution contrainte par des pathogènes chez la souris sauvage dans le cas du gène B4galnt2.
Avec Microbiome Horizons, je vise à offrir un accompagnement scientifique et bio-informatique de haute qualité dans le domaine du microbiote et de la recherche. Ma mission est de soutenir la recherche et la formation en bio-informatique et microbiologie pour un public varié, national et international.
2021 - 2024 Chargée de Recherche | Valbiotis, Riom (FR)
Étude du microbiote intestinal en relation avec des compléments alimentaires à base de plantes pour la prévention des maladies métaboliques.
2018-2023 Bio-informaticienne | Collaborations (FR)
Analyse de données 16S pour le Pr. Corine Miceli (APHP Paris) et Pr. Laurent Peyrin-Biroulet (CHRU Nancy)
2017-2021 Chercheuse Postdoctorale | Institut Pasteur de Lille (FR) & Institut Max Planck pour la biologie de l’évolution, Plön (DE)
Etude du microbiote intestinal en relation avec la toxicité de traitements anticancéreux & Evolution in vivo dans un contexte de maladies chroniques de l’intestin.
2012-2017 Chercheuse Doctorante| Institut Max Planck pour la biologie de l’évolution, Plön (DE)
Etude de l’évolution contrainte par des pathogènes chez la souris sauvage dans le cas du gène B4galnt2.
Publications en (co-)premier auteur
Gut Microbes 2023 - Unni, R. et al.
Evolution of E. coli in a mouse model of inflammatory bowel disease leads to a disease-specific bacterial genotype and trade-offs with clinical relevance. DOI - PDFPathometagenomics reveals susceptibility to intestinal infection by Morganella to be mediated by the blood group-related B4galnt2 gene in wild mice. DOI - PDF
RMD Open 2023 - Vallier, M. et al.
Characterisation of gut microbiota composition in patients with axial spondyloarthritis and its modulation by TNF inhibitor treatment. DOI - PDF
BMC Evol Biol 2017 - Vallier, M. et al.
Evaluating the maintenance of disease-associated variation at the blood group-related gene B4galnt2 in house mice. DOI - PDF
RMD Open 2023 - Figure 6
Front Nutr 2021 - Figure 4
Contributions majeures
Front Cardiovasc Med 2024 - Langhi et al.
A polyphenol-rich plant extract prevents hypercholesterolemia and modulates gut microbiota in western diet-fed mice. DOI - PDFTotum-070, a Polyphenol-Rich Plant Extract, Prevents Hypercholesterolemia in High-Fat Diet-Fed Hamsters by Inhibiting Intestinal Cholesterol Absorption. DOI - PDF
Long-Term Overconsumption of Fat and Sugar Causes a Partially Reversible Pre-Inflammatory Bowel Disease State. DOI - PDF
Evolutionary Approaches to Combat Antibiotic Resistance: Opportunities and Challenges for Precision Medicine. DOI - PDF
Contributions mineures
BMC Microbiology 2025 - Hanski et al.
Front Zool 2018 - Linnenbrink et al.
Meta-populational demes constitute a reservoir for large MHC allele diversity in wild house mice (Mus musculus). DOI - PDF
Sci Rep 2018 - Hirose et al.
Low-level mitochondrial heteroplasmy modulates DNA replication, glucose metabolism and lifespan in mice. DOI - PDF
Gut 2017 - Hadizadeh et al.
International Journal of Medical Microbiology 2016 - Hiergeist et al. *
Multicenter quality assessment of 16S ribosomal DNA-sequencing for microbiome analyses reveals high inter-center variability. DOI - PDF
* as part of the Priority Program 1656 Intestinal Microbiota Consortium/ quality assessment participants
Nat Commun 2015 - Wang, et al.
Front Zool 2018 - Figure 2
bioRxiv 2025 - Figure 2
Prépublications
bioRxiv 2025 - Lambooij et al.
Totum-448, a polyphenol-rich plant extract, decreases hepatic steatosis and inflammation in diet-induced MASLD mice. DOI - PDF
bioRxiv 2023 - Unni et al. *
Evolution of E. coli in a mouse model of inflammatory bowel disease leads to a disease-specific bacterial genotype and trade-offs with clinical relevance. DOI - PDF
* published in Gut Microbes 2023
bioRxiv 2020 - Vallier et al.
bioRxiv 2017 - Hirose et al. *
Low-level mitochondrial heteroplasmy modulates DNA replication, glucose metabolism and lifespan in mice. DOI - PDF
* published in Sci Rep 2018